På varje provtagningsstation tas prov på bottensedimentet
för att fastställa dess kornstorlek, vattenhalt och organiska halt.
Vid provtagningarna mäts även vattnets temperatur, salthalt
och syrehalt nere vid bottnen vilket kan vara till hjälp då
det gäller tolkningen av bottenfaunaproverna.

Provtagning av botten för analys av djur görs med en s k.
van Veen-huggare med vars hjälp ungefär 1/10 m² tas upp.
Efter att provets storlek, lukt, färg och oxiderade skikt
bedömts spolas det genom ett nät med maskvidden 1 mm.
Djur och annat material som blir kvar läggs i burkar
och konserveras med formalin fram till analys.
Vid analysen artbestäms, räknas och vägs varje djurart var för sig.